Lettura di cDNA, RNA totale, mRNA, RNA inferiori a 200 nucleotidi (microRNA, siRNA, scRNA, snoRNA, piRNA, 5S RNA, 5.8S rRNA).

Caratterizzazione qualitativa e quantitativa mediante l'utilizzo di:

- NANO chip (disponibile presso il servizio)

- PICO chip (fornito dall'utenza)

- “small RNA chip” (fornito dall'utenza)

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Servizi di base per la Biologia Molecolare

Controllo qualitativo di acidi nucleici

Real Time qPCR

Digital PCR

Sequenziamento DNA (Sanger)

Genotyping

Automazione

NGS

- Sterilizzazione della vetreria, delle beute, dei mezzi e dei terreni per la batteriologia, di soluzioni e di tamponi.

- Preparazione di mezzi e di terreni per batteriologia.

- Preparazione e test di cellule batteriche competenti per la trasformazione mediante elettroporazione

- Mantenimento, preparazione delle aliquote e distribuzione dello stock di enzimi, di antibiotici e di vari reagenti (ISH, etc.) e Kit per la Biologia Molecolare con una movimentazione maggiore di 200 prodotti diversi.

- Centralizzazione della richiesta di sintesi di oligonucleotidi.

- Janus (Bio Air) cappa a flusso laminare 70 cm;

- Elix 10 (Millipore) sistema produzione acqua pura;

- Synergy-UV (Millipore) sistema produzione acqua ultrapura;

- FV-A (Fedegari) Autoclave per sterilizzazione);

- Mod. 800 (Memmert) stufa termostatata ventilata per batteriologia;

- Mod. 600 (Memmert) stufa termostatata ventilata 50°C;

- Mod. 000 (Memmert) stufa termostatata 200°C;

- HT Multitron (Infors) Shaker refrigerato per batteriologia;

- -86°C Ultra-freezer (Forma)

Dr. Elio Biffali

Unità Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

L’unità Infrastrutture di Ricerca a Mare (IRM) gestisce le due imbarcazioni costiere (M/B Vettoria e M/B Hippocampus) utilizzate per il monitoraggio ambientale, la ricerca e per la didattica.

Il servizio include la la manutenzione e calibrazione della strumentazione di bordo e il supporto per il loro utilizzo in attività di raccolta dati e ricerca.

Inoltre, il MEDA collabora con le Università di Napoli, fornendo supporto alla didattica attraverso esercitazioni a bordo della M/N Vettoria.

Disponibilità delle due imbarcazioni complete di equipaggio e strumentazioni.

Assistenza nel campionamento, nella raccolta di materiale biologico e nell’acquisizione dei dati strumentali.

Didattica a bordo della M/B Vettoria:

• dimostrazioni delle strumentazioni oceanografiche e del loro funzionamento;
• esercitazioni sulle principali tecniche di rilevamento dati e campionamento.

M/B Vettoria

• GPS.
• Radar.
• Ecoscandaglio.
• Radio.
• Sonda Multiparametrica SBE 911Plus.
• Portale idraulico per messa a mare di strumentazione oceanografica e per campionamento delle comunità planctoniche e bentoniche.
• Verricello idraulico a doppio tamburo.
• Cavo monoconduttore (1500 m) per campionatori automatici e sonde multiparametriche.
• Campionatori automatico Carousell SBE da 12 bottiglie da 5 litri.
• Cavo di acciaio (600 metri) da 5 mm.
• Laboratorio umido per filtrazioni e primo trattamento dei campioni per le analisi chimiche e biologiche.

M/B Hippocampus

• Verricello elettrico con cavo in acciaio da 5mm;
• Inverter da 1500W, 220V;
• Generatore da 2000W, 220V;
• Ecoscandaglio;
• GPS portatile;
• Sonda multiparametrica SBE 19Plus V2.

Fabio Conversano

Tel. + 39 081 5833357

e-mail: fabio.conversano(at)szn.it

L’unità Monitoraggio e Analisi Ambientali (MAA) effettua analisi chimiche e strumentali delle principali variabili ambientali e biologiche.

Analisi di:

üNutrienti inorganici;

üAzoto e fosforo totali e disciolti;

üOssigeno disciolto;

üCarbonio organico particellato (POC);

üSolidi sospesi totali (TSS);

üClorofilla a (spettrofluorimetria e spettrofotometria);

üPigmenti fotosintetici (HPLC);

üSpettri di assorbimento;

üFluorescenza modulata.

Per poter accedere al servizio, gli utenti dovranno compilare e inviare via mail il form a: francesca.margiotta(at)szn.it

La tempistica con cui si eseguiranno le analisi sarà concordata con la Dott.ssa Francesca Margiotta

Analizzatore a flusso continuo Flow Sys Systea

Analizzatore CHN Thermo Flash EA 1112 Series

Spettrofluorimetro SHIMADZU RF-5301PC

Spettrofotometro UV-Visibile Agilent 8453 HPLC Agilent 1110 Series

Phyto-Pam Walz

Fabio Conversano

Tel. + 39 081 5833357

e-mail: fabio.conversano(at)szn.it

Le unità IRM e MAA possiedono una pluriennale esperienza nel campo del monitoraggio ambientale maturata in seguito alla partecipazione a numerose commesse esterne e progetti scientifici.

L’attività consiste nella raccolta, analisi ed elaborazione dati finalizzata al trasferimento di relazioni tecnico-scientifiche ad istituzioni locali e nazionali o a soggetti privati.

Vengono effettuati:

• monitoraggi della qualità delle acque marino-costiere;
  • valutazione di impatto ambientale, ad es. a seguito di sversamenti, dislocazioni di sedimenti o interventi ingegneristici sui fondali o sulla costa ;
  • caratterizzazione biogeochimica di sabbie e sedimenti marini, per attività di bonifica, ripascimenti, valutazioni di impatto ambientale, etc. (in collaborazione con altre Istituzioni);
  • Monitoraggio delle biocenosi bentoniche e delle praterie di P. Oceanica (in collaborazione con il Laboratorio di Ecologia del Benthos - Ischia);

• Acquisizione in continuo, processamento ed analisi di riferiti alle principali variabili idrografiche (temperatura, salinità, ossigeno disciolto, fluorescenza, trasmittanza, PAR, SPAR e pH) lungo la colonna d’acqua.
• Campionamento ed analisi delle principali variabili abiotiche e biotiche:
  -        Nutrienti inorganici,
  -        N e P totali e disciolti,
  -        Ossigeno disciolto,
  -        Carbonio organico particellato (POC),
  -        Solidi sospesi totali (TSS),
  -        Clorofilla a e pigmenti fotosintetici,
• Campionamento di plancton mediante retini di maglie diverse.
• Prelievo di sedimenti, campionamento e pretrattamento dei campioni destinati alle analisi geochimiche e alla caratterizzazione delle comunità bentoniche.
• Analisi e restituzione grafica di dati ambientali e redazione di relazioni tecniche.

L’attività di campionamento e raccolta dati è svolta prevalentemente a bordo della M/N Vettoria o su altre navi oceanografiche. In alternativa, viene allestito un laboratorio mobile autosufficiente per il primo trattamento dei campioni in assenza di strutture di appoggio idonee.

Le attrezzature utilizzate comprendono, per il lavooro di campagna:

• Sonde multiparametriche CTD (CTD SBE 19 plus V2 e CTD SBE 911 plus V2), equipaggiate con sensori di ossigeno disciolto, fluorescenza, trasmittanza, pH, ORP, altimetro, PAR e SPAR.
• Campionatore automatico Carousel equipaggiato con 12 bottiglie Niskin da 10 l

E, in laboratorio:

• Analizzatore a flusso continuo Flow Sys Systea
• Analizzatore CHN Thermo Flash EA 1112 Series
• Spettrofluorimetro SHIMADZU RF-5301PC
• HPLC Agilent 1110 Series

Fabio Conversano

Tel. + 39 081 5833357

e-mail: fabio.conversano(at)szn.it

Acquisizione di dati idrografici, raccolta e pretrattamento di campioni di acqua da destinare alle successive analisi delle principali variabili fisiche, chimiche e biologiche.

L’attività è svolta prevalentemente a bordo della M/N Vettoria o su altre navi oceanografiche. Inoltre, in assenza di strutture di appoggio idonee, è possibile allestire un laboratorio mobile completamente autosufficiente che consente di effettuare il primo trattamento dei campioni.

• Acquisizione in continuo, mediante sonda multiparametrica, delle principali variabili idrografiche (temperatura, salinità, ossigeno disciolto, fluorescenza, trasmittanza, PAR, SPAR e pH)  lungo la colonna d’acqua.
• Utilizzo di profilatori ottici (p. es. spettroradiometri) e di turbolenza;
• Campionamento con bottiglie Niskin e pretrattamento a bordo dei campioni per le analisi delle principali variabili  abiotiche  e biotiche:
  
  ü Nutrienti inorganici,
  ü N e P totali e disciolti,
  ü Ossigeno disciolto,
  ü Carbonio organico disciolto (DOC),
  ü Carbonio organico particellato (POC),
  ü Solidi sospesi totali (TSS),
  ü Clorofilla a e pigmenti fotosintetici
  ü Picoplancton e batteri (analisi FCM)
  ü Plancton

• Campionamento di plancton mediante retino (fitoplancton, microzooplancton e mesozooplancton).

Imbarcazioni oceanografiche equipaggiate

Sonda multiparametrica e campionatore

Carousell equipaggiato con 12 bottiglie Niskin

Profilatori ottici o di turbolenza

Fabio Conversano

Tel. + 39 081 5833357

e-mail: fabio.conversano(at)szn.it