Responsabile: Francesco Paolo Patti

Nel Laboratorio di Tassonomia Integrata degli Organismi Marini si effettuano analisi di tassonomia classica, di filogenesi e filogeografia comparata di organismi marini con un approccio multidisciplinare integrato di tipo morfologico, molecolare, cellulare ed ecologico. Di seguito le principali attività svolte:

Attività

• Sorting di campioni di organismi marini, identificazione e conteggio di specie.
• Identificazione tassonomica di organismi marini con metodi morfologici tradizionali e molecolari avanzati (compresa la preparazione di voucher genetici ed ecologici).
• Estrazione e conservazione di DNA da differenti organismi (tessuto di alghe e invertebrati marini).
• Estrazione di RNA da differenti organismi (tessuto di alghe e invertebrati marini).
• Estrazione dei metaboliti secondari.
• Elettroforesi di minigel di agarosio e documentazione digitale.
• Amplificazione di DNA (ss, ds).
• Clonaggio di frammenti target di DNA (plasmidi preps, restrizione e analisi PCR).
• Real-Time fluorescent Polymerase Chain Reaction.
• DNA barcoding.
• Preparazione dei frammenti di DNA per sequenze (in collaborazione con l'Unità SZN di Biologia Molecolare e Bioinformatica).

Sistemi per la sperimentazione

• Messa a punto di protocolli specifici di laboratorio.
• Sistemi di analisi bioinformatica per: 1) studio della variabilità nucleotidica (creazione di software di analisi di metadati); 2) studio di confronto tra morfotipi attraverso metodi di morfometria geometrica.

Analisi

• Analisi delle sequenze di DNA compresa la ricostruzione di alberi filogenetici.
• Analisi della variabilità morfologica e del polimorfismo genetico.
• Analisi delle frequenze alleliche e della distribuzione genotipica.
• Analisi del polimorfismo dei frammenti di restrizione.
• Preparazione di campioni per analisi morfologiche (utilizzo di fissativi per osservazioni al microscopio ottico e al SEM) e per analisi molecolari (crioconservazione, fissativi standard e RNALater).

Strumentazione

• Stereomicroscopio.
• Vibratomo.
• Rotavapor.
• Cappa chimica.
• Cappa flusso laminare.
• Apparato per elettroforesi su minigel.
• Centrifuga refrigerata da banco.
• Spettrofotometro "Genequant Pro Classic".
• Termociclatori PCRs (Techne- Euroclone).
• RTPCR BIO RAD Opticon 2.
• Incubatore per culture cellulari.
• Bilancia analitica.
• Bagnetto termostatato (5l, +30°C/+120°C).
• Vortex da banco.
• Autoclave/Sterilizzatore.
• Macchina per la produzione di granulato di ghiaccio.
• Dewars per azoto liquido (5l+30l).
• Ultracongelatore verticale-86°C.
• Congelatori verticali -20°C.
• UVP BioDoc imaging workstations per analisi immagini semplici e/o a fluorescenza di gel.
• Computer dedicato per analisi filogenetiche e data minin.

ABBaCo - Restauro Ambientale e Balneabilità del SIN Bagnoli-Coroglio

DIsCO - Diatom life cycles, molecular controls and contribution to ecosystem dynamics

EMSO MedIT - PON R&C 2007-2013 - PAC Potenziamento infrastrutture di ricerca pubblica - Linea di intervento B. Interventi per l’adeguamento e il consolidamento di infrastrutture per il monitoraggio ambientale

ESSEM COST Action ES0906 - Seagrass productivity: from genes to ecosystem management

GRASSMET - Climate change effects on seagrass secondary metabolism: ecological implications

HighGrass - High-CO₂ effects on seagrass photosynthetic ecophysiology

INBALANCE - INvertebrate-BActeriaL Associations as hotspots of benthic Nitrogen Cycling in Estuarine ecosystems

IRMA - Implementazione e connessione Remota di una piattaforma per il monitoraggio in tempo reale di microorganismi MArini Finanziato con Decreto MIUR del 26-3-2014

OCEAN MEDICINES - Marie Skodowska-Curie Research and Innovation Staff Exchange (RISE) finanzia partners accademici e industriali per sviluppare composti da microorganismi marini con attività anticancerogena e anti-infettiva

PALEOPARK - Seagrass palaeo-records as a tool for the evaluation, diagnosis and prognosis of the evolution of species, communities, and processes in Spanish insular National Parks

PharmaDeep - Progetto Europeo EUROFLEET2 che finanzia una campagna oceanografica nei mari subantartici per campionare organismi a grande profondità (5000m) per potenziali applicazioni in campo biomedico

PharmaSea - Progetto Europeo focalizzato sulla ricerca, sviluppo e commercializzazione di nuove biomolecole da organismi marini

PON01_00117 Antigeni e Adiuvanti per Vaccini e Immunoterapia.
Capofila: Novartis Vaccines & Diagnostics srl

PON01_02093 Studio di nuove tecnologie e piattaforme tecnologiche per il miglioramento di processi produttivi di principi attivi farmaceutici di interesse industriale e ricerca di nuove molecole bioattive da sorgenti naturali
Capofila: Sanofi-Aventis S.p.A.

PON01_02782 Nuove strategie nanotecnologiche per la messa a punto di farmaci e presidi diagnostici diretti verso cellule cancerose circolanti (CTC).
Capofila: Biogem S.c.a r.l.

RESIGRASS - An holistic understanding of seagrass functioning and resilience to local-scale disturbances: from molecular to biogeographical scales

S&T MED - finanziato dal Programma Operativo ENPI CBC Mediterranean Sea Basin 2007/2013 dell’Unione Europea

SECRETED - Sustainable Exploitation of bio-based Compounds Revealed and Engineered from naTural sources

SEDREMED - Bioremediation of contaminated sediments in coastal areas of ex-industrial sites 2021-2024

ISIDORE - Integrated Services For Infectious Diseases Outbreak Research

HOTBIO - A holistic approach to training a new generation of scientists in marine biodiscovery

BlueRemediomics - ARNESSING THE MARINE MICROBIOME FOR NOVEL SUSTAINABLE BIOGENICS AND ECOSYSTEM SERVICES

Project @ CNR “SCANFISH” SEA COSMETICS AND NUTRACEUTICS: FROM FISHERY AND AQUACULTURE BYPRODUCTS

PON project “ALIFUN” Development of functional foods for the innovation of traditional Italian food products

PRoDiA: Droplet digital PCR to assess the occurrence and infer the ROle of prostaglandin in natural DIatom Assemblage in the Ionian coastal waters

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