Tra il parco di strumentazioni oceanografiche, la SZN dispone di un set di mesocosmi pelagici realizzati ad-hoc per esperimenti in situ controllati in acque costiere. Questi mesocosmi, di numero 6, hanno una capacita di circa 100 m³, con una profondità di 15 metri. Sono muniti di un sistema di campionamento a tre profondità, 0.2, 5 e 10 metri, e di sensori di temperatura e luce alle stesse profondità.

Questi sistemi permettono di realizzare esperimenti a mare per un periodo breve (< 1 mese) in periodo e zone protette da mare mosso o onde forti che potrebbero distruggere l’installazione.

I mesocosmi sono sistemi sperimentali che permettono di svolgere studi in situ sull’ecosistema pelagico, a scala intermedia tra i microcosmi setati in laboratorio e la complessità del mondo reale.

Queste strutture al momento dell’installazione in natura racchiudono la massa d’acqua presente, che quindi conserva tutte le proprietà dell’ecosistema. Non ci sono scambi con l’esterno, evitando avvezione ed influssi orizzontali e verticali.

I vantaggi degli studi con tali sistemi sono:

• Permette di studiare la risposta (nel tempo) dell’ecosistema ad una modifica ambientale indotta.
• Permette un disegno di campionamento complesso e ottimale per la comprensione del funzionamento degli ecosistemi pelagici costieri.
• Permette di investigare l’ecosistema o una parte dei suoi componenti in condizioni ambientali realistiche.
• Permette di investigare quasi tutta la rete trofica contemporaneamente.
• Consente lo studio delle interazioni in rete trofica.
• Consente lo studio delle interazioni tra i componenti e/o gruppi funzionali.
• Consente lo studio del flusso di materia all’interno dell’ecosistema e quindi di parametrizzare.
• Consente di compiere studi con replicati.

SECRETED - Sustainable Exploitation of bio-based Compounds Revealed and Engineered from naTural sources

SEDREMED - Bioremediation of contaminated sediments in coastal areas of ex-industrial sites 2021-2024

ISIDORE - Integrated Services For Infectious Diseases Outbreak Research

HOTBIO - A holistic approach to training a new generation of scientists in marine biodiscovery

BlueRemediomics - ARNESSING THE MARINE MICROBIOME FOR NOVEL SUSTAINABLE BIOGENICS AND ECOSYSTEM SERVICES

Project @ CNR “SCANFISH” SEA COSMETICS AND NUTRACEUTICS: FROM FISHERY AND AQUACULTURE BYPRODUCTS

PON project “ALIFUN” Development of functional foods for the innovation of traditional Italian food products

PRoDiA: Droplet digital PCR to assess the occurrence and infer the ROle of prostaglandin in natural DIatom Assemblage in the Ionian coastal waters

Responsabile: Francesco Paolo Patti

Nel Laboratorio di Tassonomia Integrata degli Organismi Marini si effettuano analisi di tassonomia classica, di filogenesi e filogeografia comparata di organismi marini con un approccio multidisciplinare integrato di tipo morfologico, molecolare, cellulare ed ecologico. Di seguito le principali attività svolte:

Attività

• Sorting di campioni di organismi marini, identificazione e conteggio di specie.
• Identificazione tassonomica di organismi marini con metodi morfologici tradizionali e molecolari avanzati (compresa la preparazione di voucher genetici ed ecologici).
• Estrazione e conservazione di DNA da differenti organismi (tessuto di alghe e invertebrati marini).
• Estrazione di RNA da differenti organismi (tessuto di alghe e invertebrati marini).
• Estrazione dei metaboliti secondari.
• Elettroforesi di minigel di agarosio e documentazione digitale.
• Amplificazione di DNA (ss, ds).
• Clonaggio di frammenti target di DNA (plasmidi preps, restrizione e analisi PCR).
• Real-Time fluorescent Polymerase Chain Reaction.
• DNA barcoding.
• Preparazione dei frammenti di DNA per sequenze (in collaborazione con l'Unità SZN di Biologia Molecolare e Bioinformatica).

Sistemi per la sperimentazione

• Messa a punto di protocolli specifici di laboratorio.
• Sistemi di analisi bioinformatica per: 1) studio della variabilità nucleotidica (creazione di software di analisi di metadati); 2) studio di confronto tra morfotipi attraverso metodi di morfometria geometrica.

Analisi

• Analisi delle sequenze di DNA compresa la ricostruzione di alberi filogenetici.
• Analisi della variabilità morfologica e del polimorfismo genetico.
• Analisi delle frequenze alleliche e della distribuzione genotipica.
• Analisi del polimorfismo dei frammenti di restrizione.
• Preparazione di campioni per analisi morfologiche (utilizzo di fissativi per osservazioni al microscopio ottico e al SEM) e per analisi molecolari (crioconservazione, fissativi standard e RNALater).

Strumentazione

• Stereomicroscopio.
• Vibratomo.
• Rotavapor.
• Cappa chimica.
• Cappa flusso laminare.
• Apparato per elettroforesi su minigel.
• Centrifuga refrigerata da banco.
• Spettrofotometro "Genequant Pro Classic".
• Termociclatori PCRs (Techne- Euroclone).
• RTPCR BIO RAD Opticon 2.
• Incubatore per culture cellulari.
• Bilancia analitica.
• Bagnetto termostatato (5l, +30°C/+120°C).
• Vortex da banco.
• Autoclave/Sterilizzatore.
• Macchina per la produzione di granulato di ghiaccio.
• Dewars per azoto liquido (5l+30l).
• Ultracongelatore verticale-86°C.
• Congelatori verticali -20°C.
• UVP BioDoc imaging workstations per analisi immagini semplici e/o a fluorescenza di gel.
• Computer dedicato per analisi filogenetiche e data minin.

ABBaCo - Restauro Ambientale e Balneabilità del SIN Bagnoli-Coroglio

DIsCO - Diatom life cycles, molecular controls and contribution to ecosystem dynamics

EMSO MedIT - PON R&C 2007-2013 - PAC Potenziamento infrastrutture di ricerca pubblica - Linea di intervento B. Interventi per l’adeguamento e il consolidamento di infrastrutture per il monitoraggio ambientale

ESSEM COST Action ES0906 - Seagrass productivity: from genes to ecosystem management

GRASSMET - Climate change effects on seagrass secondary metabolism: ecological implications

HighGrass - High-CO₂ effects on seagrass photosynthetic ecophysiology

INBALANCE - INvertebrate-BActeriaL Associations as hotspots of benthic Nitrogen Cycling in Estuarine ecosystems

IRMA - Implementazione e connessione Remota di una piattaforma per il monitoraggio in tempo reale di microorganismi MArini Finanziato con Decreto MIUR del 26-3-2014

OCEAN MEDICINES - Marie Skodowska-Curie Research and Innovation Staff Exchange (RISE) finanzia partners accademici e industriali per sviluppare composti da microorganismi marini con attività anticancerogena e anti-infettiva

PALEOPARK - Seagrass palaeo-records as a tool for the evaluation, diagnosis and prognosis of the evolution of species, communities, and processes in Spanish insular National Parks

PharmaDeep - Progetto Europeo EUROFLEET2 che finanzia una campagna oceanografica nei mari subantartici per campionare organismi a grande profondità (5000m) per potenziali applicazioni in campo biomedico

PharmaSea - Progetto Europeo focalizzato sulla ricerca, sviluppo e commercializzazione di nuove biomolecole da organismi marini

PON01_00117 Antigeni e Adiuvanti per Vaccini e Immunoterapia.
Capofila: Novartis Vaccines & Diagnostics srl

PON01_02093 Studio di nuove tecnologie e piattaforme tecnologiche per il miglioramento di processi produttivi di principi attivi farmaceutici di interesse industriale e ricerca di nuove molecole bioattive da sorgenti naturali
Capofila: Sanofi-Aventis S.p.A.

PON01_02782 Nuove strategie nanotecnologiche per la messa a punto di farmaci e presidi diagnostici diretti verso cellule cancerose circolanti (CTC).
Capofila: Biogem S.c.a r.l.

RESIGRASS - An holistic understanding of seagrass functioning and resilience to local-scale disturbances: from molecular to biogeographical scales

S&T MED - finanziato dal Programma Operativo ENPI CBC Mediterranean Sea Basin 2007/2013 dell’Unione Europea