Responsabile: Daniele Iudicone

Attività

Le attività del laboratorio sono di supporto allo studio dell’ecologia del plancton marino e della fisica degli oceani di rilievo per l’ecologia. Il laboratorio di modellistica ecologica ha come attività principale la preparazione e realizzazione di simulazioni numeriche della circolazione marina a micro (DNS), a mesoscala (ROMS) e su scala globale (NEMO) e della dinamica del plancton da essa trasportato. Le attività di tipo numerico sono integrate con analisi statistiche di dati di tipo ambientale (fisico-chimiche), ecologico (popolazioni) e biologico (metagenomica, dati funzionali).

Sistema per la sperimentazione

• Configurazioni in house di modelli di circolazione oceanica, di dinamica dei fluidi a microscala (turbolenza) e dell’impatto su microorganismi.
• Configurazioni in house di modelli numerici di popolazioni planctoniche a vari livelli di complessità.
• Profilatore di turbolenza in situ.
• Sistema per produzione di turbolenza marina in lab (TurboGen).

Analisi

• Analisi di variabilità fisica (inclusa la termodinamica) ed biochimica su varie scale spazio-temporali a scala di bacino e sottobacino.
• Analisi statistiche di dati ambientali e ecologici.
• Analisi del bilancio termodinamico delle masse d’acqua.

Strumentazione

• Servers e computer per simulazioni e analisi dati.
• Software per analisi dati.
• Software per simulazioni di fisica e biologia degli organismi (prodotti in house o da collaboratori esterni).

Responsabile: Gabriele Procaccini

Attività

Nel laboratorio di Ecologia Molecolare e Genomica Funzionale si portano avanti studi finalizzati a rispondere a domande ecologiche, con l’utilizzo di approcci di tipo molecolare. Il laboratorio copre attività di ricerca che vanno dalla filogenesi e tassonomia molecolare alla filogeografia e genetica di popolazione, tramite analisi di sequenza ed analisi di marcatori polimorfici, come microsatelliti e SNPs. Ci si occupa anche dello studio della funzione genica mediante approcci di genomica funzionale e genetica inversa (prevalentemente produzione di linee transgeniche di diatomea). Ci si avvale inoltre di analisi di trascrittomica e genomica ambientale e comparativa, e si realizzano studi di espressione genica in condizioni naturali e controllate (RNA-Seq, RT-qPCR ).

Sistema per la sperimentazione

• Mesocosmi per mantenimento di organismi bentonici in condizioni controllate.
• Camera walk-in per colture microalgali.

Analisi

• Estrazione DNA, purificazione e quantificazione.
• Estrazione RNA, purificazione, quantificazione e retrotrascrizione.
• Estrazione di proteine e quantificazione.
• Preparazione campioni per analisi di RT-qPCR in piastra.
• Preparazione campioni per sequenziamento massivo.
• Preparazione campioni per analisi di sequenza.
• Preparazione campioni per analisi di frammenti.
• PCR singole ed in multiplex.
• Elettroforesi su gel di agarosio e di acrilammide.
• Analisi statistiche di genetica di popolazione e filogenesi molecolare.
• Disegno primers, analisi profili elettroferogrammi.
• Clonaggi e trasformazione batterica.
• Preparazione di DNA plasmidico (mini e maxi prep).
• Trasformazione biolistica e produzione di colture transgeniche.
• Colture algali.
• Colorazioni con coloranti vitali fluorescenti ed analisi microscopica.
• Southern blot, Northern blot.
• Western blot e saggi enzimatici (colorimetrici, ELISA).
• Utilizzo di software specialistici per l’analisi banche dati nucleotidiche e proteiche e per l’esplorazione di genomi.

Strumentazione

• Strumentazione di base per la biologia molecolare (PCR, centrifughe, apparati elettroforetici, transilluminatore, bagni termostatici, spettrofotometro, fluorimetro, pH-metro, bilancia di precisione).
• Gene gun (apparecchio per la trasformazione biolistica).
• Cappe per colture algali.
• Microscopi.
• Mixer Mill (Tissue lyser).
• PC e software per analisi molecolari.
• Cappa chimica.
• TurboGen (strumento per la generazione di turbolenza marina).

Responsabile: Christophe Brunet

Attività

Il laboratorio di Biogeochimica e Fisiologia del Plancton è un laboratorio multidisciplinare che utilizza e sviluppa approcci diversi dedicati allo studio della biogeochimica e fisiologia del fitoplancton marino. Il laboratorio copre attività di ricerca legate all’oceanografia biologica, la biogeochimica e l'ecofisiologia del fitoplancton marino. Principalmente, il laboratorio BioFilP implementa attività e tecniche per lo studio delle risposte delle microalghe alle forzante marine, nell’ambito della comprensione del funzionamento dell’ecosistema pelagico e del potenziale uso delle microalghe nella "Blue Growth".

Sistemi per la sperimentazione

• Camera e sistema di coltivazione di microalghe, con sviluppo di sistemi di illuminazione adeguati per le microalghe.
• Mesocosmi pelagici in situ.

Analisi

• Tasso fotosintetico e regolazione della fotosintesi nelle microalghe.
• Pigmenti negli organismi fotosintetici.
• Bio-ottica delle masse d’acqua e delle colture microalgale.
• Attività antiossidanti nelle microalghe.
• Concentrazioni dei macronutrienti nelle masse d’acqua e nelle colture microalgale.
• Spettro luminoso nelle masse d’acqua.

Strumentazioni

• HPLC per analisi pigmenti.
• PAMs: Dual-pam e PSI.
• Autoanalyzer.
• Spettrofotometro.
• Spettroradiometro immergibile.
• Sonda bio-ottica (AC9) immergibile.
• Cappa a flusso laminare.
• Camera e sistema di coltivazione di microalghe.

L’Ischia Marine Centre (IMC) è un centro interdipartimentale che si occupa, attraverso un approccio integrato, di valutare la vulnerabilità degli ecosistemi e gli organismi marini che li abitano evidenziando le interazioni tra i fattori di stress derivati dalle attività antropiche e i cambiamenti climatici, e le azioni di protezione e restauro ambientale. Scopo della ricerca dell’IMC è facilitare ricerche in cooperazione, tra ricercatori interni ed esterni, promuovendo interdisciplinarità e relazioni con attori e stakeholder pubblici e privati.

Le principali linee di ricerca riguardano:

1) Ecologia del Benthos: studio degli effetti dei cambiamenti globali sulla biodiversità, sull’interazione piante-animali, sul microbioma associato alle specie marine.
2) Ecofisiologia e biotecnologie: studio morfo-funzionale delle comunità costiere associate a fanerogame marine ed ecologia chimica, anche mediante colture di organismi modello e per la produzione di biotecnologie.
3) Biologia della pesca: studio di uova e larve di pesci per capire le variazioni di abbondanza e distribuzione di popolamenti di pesci.
4) Tassonomia degli organismi marini: l’Unità di Tassonomia degli Organismi Marini (MOTax) all’IMC si concentra sull’analisi della componente bentonica (sorting, identificazione al LPT, analisi dei dati ecologici).

La sede è organizzata in tre strutture con due aree funzionali:

Villa Dohrn, sede storica, costruita nel 1906 come residenza privata della famiglia Dohrn e diventata nel 1969 Laboratorio di Ecologia del Benthos; attualmente oggetto di un importante intervento di ristrutturazione e rifunzionalizzazione, sarà il nuovo “Centro Ricerche Adattamento Ecosistemi Marini ai Cambiamenti Climatici”

MEDAS Centre (Marine Ecological Data Analysis and Synthesis) nato con l’obiettivo di analizzare le informazioni esistenti, dando risposte alle grandi domande ed esigenze anche economiche nell’ambito della Blue Growth, è oggi sede operativa dell’IMC e dell’Area Funzionale Ecologia del Benthos/Necton per tutto il Dipartimento EMI della SZN

Diving Centre, diving scientifico per il supporto delle attività di ricerche a mare, con Area Funzionale Diving Center Ischia, ubicato in prossimità dell’ormeggio dell’imbarcazione della SZN affidata all’Ischia Marine Centre: il Beagle Junior.

Coordinatore sede Maria Cristina Vigo Majello Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo. +39 338 4926845 +39 081 5833401

Personale di sede

Coordinatore
Maria Cristina Vigo Majello

Amministrazione
Messina Rosanna
Patti Francesco

Primo ricercatore
Ciannelli Lorenzo
Teixidó Núria
Zupo Valerio

Ricercatore
Mazzella Valerio

Tecnologo
Lorenti Maurizio

Collaboratore Tecnico
Chiarore Antonia
Guglielmo Rosanna
Iacono Bruno
Mirasole Alice
Rando Vincenzo

Borse di Ricerca
Italiano Anna

PhD student
Liguori Gianluca
Nannini Matteo
Somma Emanuele