Laboratorio di Ecologia Molecolare e Genomica Funzionale

Responsabile: Gabriele Procaccini

Attività

Nel laboratorio di Ecologia Molecolare e Genomica Funzionale si portano avanti studi finalizzati a rispondere a domande ecologiche, con l’utilizzo di approcci di tipo molecolare. Il laboratorio copre attività di ricerca che vanno dalla filogenesi e tassonomia molecolare alla filogeografia e genetica di popolazione, tramite analisi di sequenza ed analisi di marcatori polimorfici, come microsatelliti e SNPs. Ci si occupa anche dello studio della funzione genica mediante approcci di genomica funzionale e genetica inversa (prevalentemente produzione di linee transgeniche di diatomea). Ci si avvale inoltre di analisi di trascrittomica e genomica ambientale e comparativa, e si realizzano studi di espressione genica in condizioni naturali e controllate (RNA-Seq, RT-qPCR ).

Sistema per la sperimentazione

• Mesocosmi per mantenimento di organismi bentonici in condizioni controllate.
• Camera walk-in per colture microalgali.

Analisi

• Estrazione DNA, purificazione e quantificazione.
• Estrazione RNA, purificazione, quantificazione e retrotrascrizione.
• Estrazione di proteine e quantificazione.
• Preparazione campioni per analisi di RT-qPCR in piastra.
• Preparazione campioni per sequenziamento massivo.
• Preparazione campioni per analisi di sequenza.
• Preparazione campioni per analisi di frammenti.
• PCR singole ed in multiplex.
• Elettroforesi su gel di agarosio e di acrilammide.
• Analisi statistiche di genetica di popolazione e filogenesi molecolare.
• Disegno primers, analisi profili elettroferogrammi.
• Clonaggi e trasformazione batterica.
• Preparazione di DNA plasmidico (mini e maxi prep).
• Trasformazione biolistica e produzione di colture transgeniche.
• Colture algali.
• Colorazioni con coloranti vitali fluorescenti ed analisi microscopica.
• Southern blot, Northern blot.
• Western blot e saggi enzimatici (colorimetrici, ELISA).
• Utilizzo di software specialistici per l’analisi banche dati nucleotidiche e proteiche e per l’esplorazione di genomi.

Strumentazione

• Strumentazione di base per la biologia molecolare (PCR, centrifughe, apparati elettroforetici, transilluminatore, bagni termostatici, spettrofotometro, fluorimetro, pH-metro, bilancia di precisione).
• Gene gun (apparecchio per la trasformazione biolistica).
• Cappe per colture algali.
• Microscopi.
• Mixer Mill (Tissue lyser).
• PC e software per analisi molecolari.
• Cappa chimica.
• TurboGen (strumento per la generazione di turbolenza marina).