Responsabile: Maria I. Arnone

Laboratorio attrezzato per lo studio dello sviluppo embrionale degli organismi marini, inclusa l’analisi funzionale per lo studio dei network genici.

Comprende un'area di biologia molecolare ed ibridazione in situ, un'area di microiniezione, un'area di elettroporazione in zigoti, oltre alle normali attrezzature di laboratorio generico.

Sistemi per la sperimentazione

Il laboratorio DevBio utilizza diversi organismi modello per la ricerca, quali ascidie (Ciona, Molgula), ricci (Paracentrotus, Strongylocentrotus) e stelle (Patiria) di mare, anfiosso (Branchistoma) e pesci (Danio).

Il laboratorio si avvale della collaborazione delle unità Meda e MaRe per l’approvvigionamento, il mantenimento e la coltura di questi organismi.

Analisi

• Determinazione dell’espressione genica (spaziale e temporale) durante lo sviluppo embrionale mediante tecniche di ibridazione in situ, immunoistochimica, PCR quantitativa (real time, in collaborazione con l’unità Mb&Bi), western blot.
• Perturbazione dell’espressione genica (knock-out, knock-down, overespressione e transgenesi) mediante microiniezione (oligonucleotidi antisenso, RNA) o elttroporazione (DNA) e analisi di espressione genica e morfofunzionale dei fenotipi ottenuti.

Strumentazioni

• Sistemi per la microiniezione (con microscopio invertito, diritto o stereo) in riccio di mare, ascidie e pesci.
• Strumentazione per l’elettroporazione in cellule eucariotiche.
• Stereomicroscopi per l’osservazione e la manipolazione degli embrioni.
• Celle termostatate (a varie temperature) per la coltura di embrioni e larve.
• Sistemi di microscopia e acquisizione immagini ad alta risoluzione in luce trasmessa e fluorescenza per l’analisi spaziale dell’espressione genica.
• Sistema di analisi del movimento per la caratterizzazione di fenotipi comportamentali.

Responsabile: Remo Sanges

Laboratorio attrezzato per studi di genomica computazionale con utilizzo prevalente di strumenti per analisi bioinformatica.

Sistemi per la sperimentazione

Database biologici, sistemi di genomica funzionale high throughput.

Analisi

Analisi computazionali, bioinformatica, genomica comparativa, data-mining su dati di genomica e trascrittomica da organismi sperimentali.

Strumentazioni

• Personal computer.
• Workstation e server.

Responsabile: Luigia Santella

Laboratorio attrezzato per studiare i meccanismi cellulari e molecolari del ciclo cellulare e fecondazione di organismi marini. Comprende un'area di live cell imaging, un'area di microiniezione, un'area di biologia cellulare e molecolare, un'area di analisi d'immagine, oltre alle normali attrezzature di laboratorio generico

Sistemi per la sperimentazione

Il laboratorio utilizza due specie di stella di mare (Astropecten aranciacus e Asterina pectinifera) e di riccio di mare (Paracentrotus lividus) come sistemi modello per la ricerca in collaborazione con Meda e MaRe per la raccolta ed il loro mantenimento.

Analisi

• Studio dei meccanismi responsabili della generazione, propagazione, e decadimento dei segnali di calcio intracellulari nelle uova degli animali marini durante il ciclo cellulare meiotico e la fecondazione per l’identificazione dei depositi di calcio intracellulare (reticolo endoplasmatico, nucleo, mitocondri, vescicole acide, ect) e il loro meccanismo di rilascio/riassorbimento dello ione.
• Studio delle relazioni causali tra l’ambiente esterno (salinità dell’acqua di mare, pH, temperatura, contaminanti ambientali, etc.) e le variazioni interne sia morfologiche che funzionali di ovociti e uova e dei loro effetti sulla fecondazione e fasi iniziali dello sviluppo embrionale: analisi della segnalazione di calcio, citoscheletro, ultrastruttura (collaborazione con AMOBIO) polispermia, e progressione della divisione dello zigote.
• Analisi dei meccanismi molecolari che regolano la maturazione meiotica e l'attivazione delle uova in seguito a microiniezione di proteine bloccanti specifiche funzioni, anticorpi e RNA antisenso di geni bersaglio identificati dal trascrittoma di stelle e ricci di mare.

Strumentazioni

• 2 Set up (CCD) multicanale sia in fluorescenza che in luce trasmessa per live cell imaging.
• Fotoattivazione con UV di sostanze caged.
• 1 Set up (Confocale Spinning Disk) multicanale sia in fluorescenza che in luce trasmessa per live cell imaging.
• Live cell imaging durante microiniezioni.
• Fotoattivazione con UV di sostanze caged.
• Sistema per la microiniezione (con microscopio diritto) in diversi compartimenti (citoplasma e nucleo) degli ovociti di stella di mare e citoplasma di uova di riccio di mare.
• Steremicroscopio per la valutazione della qualità dei gameti e loro manipolazione (enucleazione  etc).
• Incubatore termostatato per il mantenimento dei gameti.

Responsabile: Anna Palumbo

Laboratorio destinato a studi di biochimica degli organismi marini inclusa la risposta adattativa e del sistema immunitario.

Comprende area per analisi di proteine ed acidi nucleici, oltre alle normali attrezzature di laboratorio generico

Sistemi per la sperimentazione

• Spettrofotometri UV per letture spettrofotometriche, registrazione di spettri UV/visibile e cinetiche enzimatich.
• Alimentatori e camerette per elettroforesi di proteine su gel di poliacrilammide e di DNA su gel di agarosio.
• Macchina di PCR.
• Centrifughe.
• Colonne cromatografiche.

Analisi

• Risposta degli organismi marini (adulti e stadi embrionali e larvali) a fattori ambientali.
• Caratterizzazione morfologica e valutazione di parametri biochimici (dosaggi di attività enzimatiche, valutazione dello stato redox cellulare), espressione di geni e proteine e modifiche post traduzionali indotte dallo stress.
• Purificazione e caratterizzazione biologica di metaboliti e proteine da organismi marini.