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Descrizione	Produzione di dati NGS
Servizi erogati	In Progress La tecnologia di sequenziamento di nuova generazione (NGS) sta rivoluzionando il campo delle applicazioni in Biologia Molecolare. Recentemente il servizio si è dotato della tecnologia LIFE TECHNOLOGIES “ION Proton”, in grado di produrre principalmente dati per studi di transcrittomica, di metagenomica, per l’analisi dell’espressione genica e per il risequenziamento mirato. Attualmente, non viene fornita alcuna analisi bioinformatica
Attrezzature utilizzate	Life Technologies ION Proton semiconductor sequencer Life Technologies ION Chef Agilent Bioanalyzer 2100
Contatti	Dr. Elio Biffali Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel. +39 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Descrizione	Il servizio è dotato di un sistema robotico capace di realizzare progetti ad alta produttività per quelle attività di ricerca che necessitano, in tempi brevi, l’analisi di un alto numero di campioni Scheda tecnica
Servizi erogati	Il servizio è capace di soddisfare differenti richieste: - Allestimentodi reazioni di qPCR e PCR. - Purificazione di reazioni di PCR. - Quantizzazione e normalizzazione di campioni. - Replica, prelievo e riorganizzazione di piastre multipozzetto. - Minipreparazione di DNA plasmidico. - Allestimento e purificazione delle reazioni di sequenza. - Allestimento delle piastre per microsatelliti, AFLP, e SNiPs. - Gestione delle librerie e prelievo dei singoli campioni. - Estrazione di DNA genomico da campioni convenzionali (sangue, code di topo, etc). - Estrazione di DNA genomico da campioni non convenzionali (Ciona intestinalis, Poseidonia Oceanica, Caretta caretta, Cimodocea nodosa, Caulerpa racemosa, Octopus Vulgaris, etc.). - Immunostochimica e ibridazione in situ su embrioni in whole mount (in progress)
Attrezzature utilizzate	TECAN HTS platform FREEDOM EVO 200
Contatti	Dr. Elio Biffali Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel.: 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Descrizione	- Microsatelliti per analisi di frammenti (single-locus). - SNiPs, analisi del polimorfismo in un'unica base (single-locus). - AFLP, polimorfismo della lunghezza dei frammenti (multi-locus). Scheda Tecnica del Servizio
Servizi erogati	Vengono analizzati, ogni anno, circa 6.000 campioni per studi genetici di popolazione, principalmente su piante marine (fanerogame). La genotipizzazione è il processo che permette di identificare il genotipo di un organismo mediante test biologici (genotype testing). Ci sono numerose tecniche che possono essere utilizzate per la genotipizzazione principalmente con un approccio multi-locus o single-locus. Il servizio offre tre differenti approcci analitici: - Microsatelliti (single-locus): L’analisi dei frammenti si ottiene mediante elettroforesi capillare ed è utilizzata per studi di genetica di popolazione, principalmente su piante acquatiche (fanerogame) e alghe. - SNiPs, analisi del polimorfismo in un'unica base (single-locus). L’analisi degli Snips sui campioni è realizzata mediante la tecnologia Snapshot (Life Technologies) che consente, utilizzando l’elettroforesi capillare, con l'uso di un solo oligonucleotide specifico. - AFLP, polimorfismo della lunghezza dei frammenti (multi-locus). La rilevazione è anch’essa realizzata mediante elettroforesi capillare.
Attrezzature utilizzate	Analizzatore automatico di DNA per Elettroforesi Capillare - Life Technologies
Contatti	Dr. Elio Biffali Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel. +39 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Descrizione	Sequenziamento Sanger di campioni di DNA Il sequenziamento automatizzato del DNA mediante l’elettroforesi capillare rimane uno dei principali ed indispensabili strumenti per lo studio degli acidi nucleici. Le sequenze prodotte sono lunghe in media ~ 650 basi con oltre il 97,5% di precisione, a partire da plasmidi, frammenti di PCR, fagi, etc. La potenzialità del sistema in dotazione al servizio è superiore a 1000 sequenze giornaliere e può sostenere progetti ad alta produttività. Il servizio al momento produce oltre 15.000 sequenze all'anno.
Servizi erogati	1) Sequenze di inserti di DNA clonati in plasmidi (< 15 kb) per ottenere solo le prime informazioni su cloni e subcloni, cioè identità ed orientamento dell’inserto. 2) Sequenze dirette di prodotti di PCR. 3) Sequenziamento fine (double strand) a richiesta e da programmare secondo disponibilità. 4) Shotgun a richiesta e da programmare secondo disponibilità. 5) Gene walking a richiesta e da programmare secondo disponibilità. 6) Transposon-based a richiesta e da programmare secondo disponibilità. 7) Bac ends, lambda-phage, etc.
Attrezzature utilizzate	Analizzatore automatico di DNA per Elettroforesi Capillare Applied Biosystems 3730 DNA Analyzer 48 capillaries - Life Technologies
Contatti	Dr. Elio Biffali Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel. +39 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Descrizione	In allestimento Il servizio di digital PCR è dotato di uno strumento ad alta sensibilità Bio-Rad “QX200 Droplet Digital PCR” che consente di: - Rilevare piccole quantità di molecole DNA bersaglio con una sensibilità senza pari. - Determinare la variazione del numero di copie genomiche (copy number variation) con estrema accuratezza. - Misurare livelli di espressione genica con straordinaria precisione. - Quantificare librerie NGS.
Servizi erogati	Il servizio supporta gli utenti nel design degli esperimenti, nell’utilizzo dell’apparecchiatura e, se necessario, nella prima analisi dei dati.
Attrezzature utilizzate	Biorad system "QX200 Droplet Digital PCR" Agilent Bioanalyzer 2100
Contatti	Dr. Elio Biffali Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel. +39 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Descrizione	Il servizio di Real Time qPCR è dotato di uno strumento ad alta produttività che, utilizzando piastre a 384 pozzetti, non solo permette di analizzare un numero elevato di campioni nello stesso esperimento, ma anche, riducendo i volumi di reazione, di ottenere un costo ridotto per la singola reazione.
Servizi erogati	Il servizio supporta gli utenti nel design degli esperimenti, nell’utilizzo della apparecchiatura e, se necessario, nella prima analisi dei dati.
Attrezzature utilizzate	Life Technologies ViiA7 (piastra a 384 pozzetti) Agilent Bioanalyzer 2100
Contatti	Dr. Elio Biffali Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel. +39 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Descrizione	Analisi qualitativa e quantitativa di acidi nucleici mediante Bioanalyzer 2100 Agilent che utilizza un chip microfluidico, rappresentando lo standard di riferimento per il QC di campioni di RNA da utilizzare in applicazioni sensibili quali la qPCR, i microarray, l’ibridazione in situ, il next generation sequencing, la generazione di librerie, etc.
Servizi erogati	Lettura di cDNA, RNA totale, mRNA, RNA inferiori a 200 nucleotidi (microRNA, siRNA, scRNA, snoRNA, piRNA, 5S RNA, 5.8S rRNA). Caratterizzazione qualitativa e quantitativa mediante l'utilizzo di: - NANO chip (disponibile presso il servizio) - PICO chip (fornito dall'utenza) - “small RNA chip” (fornito dall'utenza)
Attrezzature utilizzate	Agilent Bioanalyzer 2100
Contatti	Dr. Elio Biffali Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel. +39 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

	Servizi di base per la Biologia Molecolare
	Controllo qualitativo di acidi nucleici
	Real Time qPCR
	Digital PCR
	Sequenziamento DNA (Sanger)
	Genotyping
	Automazione
	NGS

Descrizione	Preparazione e distribuzione di terreni e piastre per la batteriologia e mezzi per le colture cellulari, distribuzione di enzimi di modificazione, distribuzione di numerosi prodotti e reagenti per esperimenti di biologia molecolare e di ISH, preparazione di cellule competenti per la trasformazione batterica ecc. Fornitura di oligonucleotidi sintetici normali e modificati per tutto l’Istituto
Servizi erogati	- Sterilizzazione della vetreria, delle beute, dei mezzi e dei terreni per la batteriologia, di soluzioni e di tamponi. - Preparazione di mezzi e di terreni per batteriologia. - Preparazione e test di cellule batteriche competenti per la trasformazione mediante elettroporazione - Mantenimento, preparazione delle aliquote e distribuzione dello stock di enzimi, di antibiotici e di vari reagenti (ISH, etc.) e Kit per la Biologia Molecolare con una movimentazione maggiore di 200 prodotti diversi. - Centralizzazione della richiesta di sintesi di oligonucleotidi.
Attrezzature utilizzate	- Janus (Bio Air) cappa a flusso laminare 70 cm; - Elix 10 (Millipore) sistema produzione acqua pura; - Synergy-UV (Millipore) sistema produzione acqua ultrapura; - FV-A (Fedegari) Autoclave per sterilizzazione); - Mod. 800 (Memmert) stufa termostatata ventilata per batteriologia; - Mod. 600 (Memmert) stufa termostatata ventilata 50°C; - Mod. 000 (Memmert) stufa termostatata 200°C; - HT Multitron (Infors) Shaker refrigerato per batteriologia; - -86°C Ultra-freezer (Forma)
Contatti	Dr. Elio Biffali Unità Biologia Molecolare e Bioinformatica Tel. +39 081 5833298 e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Prenota una visita sul sito fondazionedohrn.it

Il Turtle Point, sorge all’interno del ex-macello comunale di Portici. La struttura, concessa in comodato ventennale dal Comune di Portici, si sviluppa su oltre 600 m² coperti e 7000 m² scoperti e costituisce un esempio eccezionale di riqualificazione urbana.

Il Turtle Point è dotato di laboratori avanzati per le analisi ambientali e biologiche, di un ambulatorio con sale chirurgica e radiologica, di una ricca esposizione didattica, di due sale multimediali oltre, ovviamente, agli spazi dedicati alla cura e riabilitazione delle tartarughe marine ferite a causa dell’interazione con le attività antropiche.

I visitatori sono accolti nella sala degli acquari tematici dedicati ai descrittori di qualità ambientale degli ecosistemi marini definiti dalla Strategia Marina della Comunità Europea. Modelli in dimensioni reali dei grandi vertebrati marini del Mediterraneo li accompagnano alla scoperta di questi affascinanti animali e delle problematiche legate alla loro conservazione. Incontrano quindi le tartarughe marine, osservandole nelle loro vasche di riabilitazione. Gli ampi spazi multimediali rappresentano, infine, l’occasione per approfondire le tematiche trattate e le ricerche condotte seguendo, ad esempio, le migrazioni delle tartarughe marine rilasciate dopo la riabilitazione.

Il Turtle Point è un luogo unico in cui ricerca, conservazione e didattica convivono e crescono per raggiungere l’obiettivo comune della conservazione degli ecosistemi marini del Mediterraneo.