Un nuovo sviluppo

Il Parlamento italiano approva nel 1982 una legge speciale a favore della Stazione Zoologica, che assicura un aumento del finanziamento e ne riconosce giuridicamente lo status di "Istituto scientifico speciale" di pubblico interesse, posto sotto la supervisione e il controllo del Ministero della Università e della Ricerca Scientifica e Tecnologica. Comunque l'Istituto conserva una larga autonomia scientifica.
Nello stesso anno (1982) l'Istituto acquisisce il nome "Stazione Zoologica Anton Dohrn", il che non deve essere considerato solo un omaggio alla grande realizzazione di Dohrn, ma anche il riconoscimento del suo progetto di realizzare una ricerca di punta in un laboratorio di ricerca libero da vincoli nazionali, filosofici o disciplinari.

La gestione della Stazione Zoologica viene affidata ad un Presidente, un Direttore e un Consiglio di Amministrazione. Viene creato un Consiglio Scientifico internazionale. Nel 1987 Gaetano Salvatore viene nominato Presidente.
La struttura interna viene rimodellata, in modo da combinare due scopi che per lungo tempo erano stati considerati come contraddittori: da una parte l'enfasi sulla ricerca prodotta dalla struttura propria della Stazione e dall'altro la cooperazione nazionale e internazionale. Particolare impegno viene messo nello sviluppo di nuovi laboratori nei settori di punta della biologia, come la Biologia molecolare e le Biotecnologie, nella promozione e partecipazione ai progetti nazionali ed internazionali finalizzati alla soluzione dei problemi legati alla salvaguardia dell'ambiente marino e alla razionale utilizzazione delle risorse del mare.

I programmi di formazione, che erano rimasti per lungo tempo un aspetto secondario delle attività della Stazione, divengono una priorità. Vengono promossi ed organizzati corsi regolari e specializzati, convegni e seminari, insieme ad un programma di formazione dottorale per ricercatori e tecnici italiani e stranieri.

Anton Dohrn aveva creato la Stazione con i reparti di Zoologia, Botanica e Fisiologia. La nuova struttura dei laboratori di ricerca include la Biochimica e Biologia molecolare, la Neurobiologia, l'Oceanografia biologica, la Botanica marina, la Biologia cellulare, l'Ecofisiologia e l'Ecologia bentonica. Le strutture tecniche comprendono una delle migliori biblioteche nel campo della Biologia Marina e campi collegati, l'Archivio storico e le Collezioni scientifiche (un museo con circa 3500 campioni provenienti dal Golfo di Napoli, alcuni dei quali molto rari, un erbario che svolge il ruolo di archivio per materiale storicamente importante, oltre che sito permanente di olotipi delle nuove specie scoperte nel Golfo).
La ricerca alla Stazione Zoologica si era da sempre concentrata su due aspetti degli organismi marini: da una parte le loro strutture, funzioni e comportamenti sono studiati per far avanzare la conoscenza sugli organismi viventi nel Mediterraneo, dall'altra questi organismi sono gli strumenti per spingere avanti la conoscenza sui processi fondamentali della vita.

La ricerca biologica fondamentale si associa allo studio delle opportunità di usare le biotecnologie per la utilizzazione delle risorse naturali marine, come la cultura artificiale degli invertebrati, l'utilizzazione di sostanze biologicamente attive, lo studio dell'ambiente marino in relazione alla biodiversità, centrata sugli ecosistemi complessi come le praterie sotterranee di Posidonia.