La Biblioteca del mare contiene una delle raccolte più importanti d’Europa nel campo della biologia marina. Si articola in quasi 100.000 volumi (5,8 chilometri di libri) tra cui spiccano i primi testi naturalistici del ‘600 e del ‘700, i volumi delle spedizioni oceanografiche ottocentesche, la collana Fauna e Flora del Golfo di Napoli, le Pubblicazioni della Stazione Zoologica, e le miscellanee (raccolte di estratti) che fanno parte della Collezione Speciale della Biblioteca. Si stima che le miscellanee siano circa 5000 e che contengano 148.000 estratti non inventariati. Proprio per questo, nel 2019 è iniziato un progetto di spoglio e catalogazione degli estratti contenuti nelle miscellanee (e ne sono stati processati, ad oggi, circa 12.000). Il progetto consentirà quindi di arricchire il patrimonio librario dell’ente, e di mettere in luce il legame esistente tra gli autori e la loro presenza alla SZN attraverso gli estratti firmati o con dediche, e i tavoli di studio (registri di permanenza degli ospiti alla SZN).
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