Responsabile: Francesco Paolo Patti
Nel Laboratorio di Tassonomia Integrata degli Organismi Marini si effettuano analisi di tassonomia classica, di filogenesi e filogeografia comparata di organismi marini con un approccio multidisciplinare integrato di tipo morfologico, molecolare, cellulare ed ecologico. Di seguito le principali attività svolte:
Attività
- Sorting di campioni di organismi marini, identificazione e conteggio di specie.
- Identificazione tassonomica di organismi marini con metodi morfologici tradizionali e molecolari avanzati (compresa la preparazione di voucher genetici ed ecologici).
- Estrazione e conservazione di DNA da differenti organismi (tessuto di alghe e invertebrati marini).
- Estrazione di RNA da differenti organismi (tessuto di alghe e invertebrati marini).
- Estrazione dei metaboliti secondari.
- Elettroforesi di minigel di agarosio e documentazione digitale.
- Amplificazione di DNA (ss, ds).
- Clonaggio di frammenti target di DNA (plasmidi preps, restrizione e analisi PCR).
- Real-Time fluorescent Polymerase Chain Reaction.
- DNA barcoding.
- Preparazione dei frammenti di DNA per sequenze (in collaborazione con l'Unità SZN di Biologia Molecolare e Bioinformatica).
Sistemi per la sperimentazione
- Messa a punto di protocolli specifici di laboratorio.
- Sistemi di analisi bioinformatica per: 1) studio della variabilità nucleotidica (creazione di software di analisi di metadati); 2) studio di confronto tra morfotipi attraverso metodi di morfometria geometrica.
Analisi
- Analisi delle sequenze di DNA compresa la ricostruzione di alberi filogenetici.
- Analisi della variabilità morfologica e del polimorfismo genetico.
- Analisi delle frequenze alleliche e della distribuzione genotipica.
- Analisi del polimorfismo dei frammenti di restrizione.
- Preparazione di campioni per analisi morfologiche (utilizzo di fissativi per osservazioni al microscopio ottico e al SEM) e per analisi molecolari (crioconservazione, fissativi standard e RNALater).
Strumentazione
- Stereomicroscopio.
- Vibratomo.
- Rotavapor.
- Cappa chimica.
- Cappa flusso laminare.
- Apparato per elettroforesi su minigel.
- Centrifuga refrigerata da banco.
- Spettrofotometro "Genequant Pro Classic".
- Termociclatori PCRs (Techne- Euroclone).
- RTPCR BIO RAD Opticon 2.
- Incubatore per culture cellulari.
- Bilancia analitica.
- Bagnetto termostatato (5l, +30°C/+120°C).
- Vortex da banco.
- Autoclave/Sterilizzatore.
- Macchina per la produzione di granulato di ghiaccio.
- Dewars per azoto liquido (5l+30l).
- Ultracongelatore verticale-86°C.
- Congelatori verticali -20°C.
- UVP BioDoc imaging workstations per analisi immagini semplici e/o a fluorescenza di gel.
- Computer dedicato per analisi filogenetiche e data minin.
