Dirigente di Ricerca
Dipartimento di Ecologia Marina Integrata
Tel. +39 081 5833271
e-mail: wiebe.kooistra(at)szn.it
Skype: wiebe.kooistra3
ORCID id: 0000-0002-8641-9739
Interessi di ricerca
Chaetoceros è il genere di diatomee planctoniche marine più abbondante e diffuso negli oceani (TARA Oceans data), che, con oltre 400 specie descritte, contribuisce in modo significativo alla produzione primaria, ai cicli biogeochimici e al sequestro della CO2. Le specie appartenenti a tale genere sono caratterizzate dalla presenza di sottili tubi silicei, chiamati setae, che collegano le cellule in catene, favoriscono l'assorbimento dei nutrienti e ostacolano i ‘grazers.’ Le cellule possono formare spore con pareti cellulari fortemente silicizzate spesso ricoperte di spine. I conteggi settimanali delle cellule dei campioni di plancton raccolti nei progetti LTER MareChiara e NEREA nel Golfo di Napoli nel corso degli anni rivelano una diversità di specie notevolmente elevata nell’ambito del genere. La nostra ricerca tassonomica sulle colture ottenute da catene cellulari isolate dai campioni ha scoperto numerose specie aggiuntive, specie già note altrove o nuove per la scienza e, inoltre, il HTS-metabarcoding dei campioni LTER ha rivelato l'esistenza di ancora più specie, spesso sorprendentemente abbondanti. I risultati ottenuti hanno anche dimostrato una marcata stagionalità, mentre, sorprendentemente, alcune specie abbondanti sono presenti tutto l'anno. La nostra ricerca attualmente si concentra sull'identificazione e la descrizione delle nuove specie isolate mediante approcci tradizionali e attraverso il sequenziamento e l'analisi di trascrittomi e genomi di specie selezionate (da utilizzare, ad esempio, come riferimenti per approcci meta-omici nei siti LTER) e ha come obiettivo capire se, come e perché i tratti morfologici di tali specie rispondono a pressioni ambientali, quali la carenza di nitrati e il ‘grazing’.
Past and present Ph.D. students (last 10 years)
Dr. Chetan C. Gaonkar, Open University, London – SZN. 2013-2016. Director of Studies. Topic: Phylogeny and diversity of the diatom family Chaetocerotaceae. Currently Assistant Research Scientist at Department of Oceanography, Texas A.&M University, College Station, Texas 77843-3146. https://www.linkedin.com/in/chetan-gaonkar-b1941039/
Dr. Solenn Mordret, Open University, London – SZN. 2015-2018. Internal supervisor. Topic: Integrated study of Dinoflagellate diversity in the Gulf of Naples. Currently technical officer at the National Research Council Canada / Conseil national de recherches Canada, Halifax, Nova Scotia, Canada. https://www.linkedin.com/in/solenn-mordret-9073b283/
Dr. Daniele De Luca, Open University, London – SZN. 2016-2019. Director of Studies. Topic: Biogeography and speciation in Chaetocerotaceae. Currently Postdoctoral fellow at Orto Botanico, Napoli
Alessandra Mussi, Open University, London – SZN. 2022-2025. Director of Studies. Topic: Diversity in Chaetocerotaceae.
Collaborators
EMI: Marina Montresor, Maria-Immacolata Ferrante, Ylenia Carotenuto, LTER MareChiara team, NEREA team.
RIMAR - MOTax: Diana Sarno, Adriana Zingone.
Blu-Biotech: Giovanna Romano.
External: Christopher Bowler (ENS-Paris, France), Bengte Edvardsen (UIO, Oslo, Norway), Thomas Mock (UEA, Norwich, UK). Roberta Piredda (U-Aldo Moro, Bari, Italy), Alessandra Rogato (IBBR-CNR, Napoli, Italy), Peter von Dassow (PUC, Santiago de Chile, Chile).
Past and present international projects (last 10 years)
H2020-INFRADEV-1-2014-1 European Marine Biological Research Infrastructure Cluster to promote the Blue Bioeconomy (EMBRIC) GA-654008; 01/06/2015-30/05/2019. Roles: co-author, WP leader, SZN-responsible. Principal result: microalgae for biotech purposes (JRA) and Transnational access to marine stations (including SZN).
H2020 INFRADEV-1-2015-2 European Marine Biological Resource Centre preparatory phase 2 (pp2EMBRC) GA-689173; 2015-2016. Roles: co-author, WP leader, SZN-responsible. Principal result: user access contract documentation and procedures for EMBRC
H2020-INFRAIA-2016-2017 Association of European Marine Biological Laboratories, Expanded (ASSEMBLE Plus) GA-730984; 01/10/2017-30/09/2022 Roles: co-author, WP leader, SZN-responsible. Principal result: TNA provision across Europe.
JGI 505650 CSP20 “New diatom genome sequences from the most abundant genus in the global ocean”. 09/18/2019-ongoing. Roles: co-PI with Dr. Christopher Bowler (ENS-Paris). Principal result: genomes of ten Chaetoceros species sequenced and annotated.
JGI 506537 CSP20 “100 Diatom genomes Project”. 07/12/2020-ongoing. Roles: co-author and team member. Principal result: genomes of hundred diatoms sequenced and annotated.
Selected publications (last 10 years)
Gaonkar CC, Kooistra WHCF, Lange CB, Montresor M, Sarno, D. Two new species in the Chaetoceros socialis complex (Bacillariophyta): C. sporotruncatus and C. dichatoensis, and characterization of its relatives, C. radicans and C. cinctus. J. Phycol. 2017; 53: 889–907.
Gaonkar CC, Piredda R, Minucci C, Mann DG, Montresor M, Sarno D, Kooistra WHCF. Annotated 18S and 28S rDNA reference sequences of taxa in the planktonic diatom family Chaetocerotaceae. PLoS ONE. 2018; 0208929.
De Luca D, Kooistra WHCF, Sarno D, Gaonkar CC, Piredda R. Global distribution and diversity of Chaetoceros (Bacillariophyta, Mediophyceae): integration of classical and novel strategies. PeerJ. 2019a; 7:e7410
De Luca D, Sarno D, Piredda R, Kooistra WHCF. A multigene phylogeny to infer the evolutionary history of Chaetocerotaceae. Mol. Phylogen. Evol. 1019b; 140, 106575.
Gaonkar CC, Piredda, R, Sarno D, Zingone A, Montresor M, Kooistra WHCF. Species detection and delineation in the marine planktonic diatoms Chaetoceros and Bacteriastrum through metabarcoding: making biological sense of haplotype diversity. Env. Microbiol. 2020; 22: 1917–1929.
De Luca D, Kooistra WHCF, Sarno D, Biffali E, Piredda R. Empirical evidence for concerted evolution in the 18S rDNA region of the planktonic diatom genus Chaetoceros. Sci. Rep. 2021a; 11: 807.
De Luca D, Piredda R, Sarno D, Kooistra WHCF. Resolving cryptic species complexes in marine protists: phylogenetic haplotype networks meet global DNA metabarcoding datasets. ISME J. 2021b; 15: 1931-1942.
Gaonkar CC, Sarno D, Montresor M, Lange CB, Kooistra WHCF. Chaetoceros turingii sp. nov. (Bacillariophyceae): morphological and molecular description of a new species from the Gulf of Naples, Italy. Nova Hedwigia, Beiheft 2021; 151: 161–171.
Piredda R, Sarno D, De Luca D, Kooistra WHCF. Biogeography of six species in the planktonic diatom genus Bacteriastrum (Bacillariophyta). Eur. J. Phycol. 2022; 57: 446–457.
Kooistra WHCF, Kusber W-H, Hernández-Becerril DU, Montresor M, Sarno D. The type species of the diatom genus Chaetoceros. Diat. Res. 2022; 37: 81–88.
